153ZODH / 12. cvičení: Porovnání verzí

Z GeoWikiCZ
mBez shrnutí editace
m 155zddp
 
(Není zobrazeno 141 mezilehlých verzí od stejného uživatele.)
Řádek 1: Řádek 1:
{{Upravit}}
{{Zastaralé|155ZDDP}}
< [[153YZOD Zpracování obrazových dat|Stránky předmětu]] {{bullet}} [[153YZOD Zpracování obrazových dat - cvičení 11|Předchozí cvičení]]
{{upravit}}
{{Cvičení|153ZODH|12|Multitemporální analýza}}
== Osnova ==


<div style="font-size: 13pt; font-weight: bold">Multitemporální analýza</div>
Komplexní analýza obrazových dat je založena na monitorování zemského povrchu a atmosféry v různých prostorových rozlišeních a časových intervalech. Zaměříme se na analýzu časové řady dat {{wikipedia|MODIS|lang=en}} (''Moderate Resolution Imaging Spectroradiometer'', satelit Terra a Aqua NASA).
__TOC__
== Osnova ==


Pokročilé analýzy jsou založeny na monitorování zemského povrchu a atmosféry v různých prostorových rozlišení a časových intervalech. Zaměříme se na analýzu časové řady dat MODIS (''Moderate Resolution Imaging Spectroradiometer'', satelit Terra a Aqua NASA).  
Skripty v jazyku [[Python]] používají knihovnu [http://grasswiki.osgeo.org/wiki/Python/pygrass pyGRASS].


=== Seznam příkazů ===
=== Seznam příkazů ===
Řádek 19: Řádek 19:
* {{GrassPrikaz|r.series}}
* {{GrassPrikaz|r.series}}
* {{GrassPrikaz|r.colors}}
* {{GrassPrikaz|r.colors}}
* {{GrassPrikaz|r.timestamp}}
* {{GrassPrikaz|t.create}}
* {{GrassPrikaz|t.register}}
* {{GrassPrikaz|t.info}}


== Multitemporální analýza ==
== Multitemporální analýza ==


K dispozici jsou následující data:
K dispozici jsou následující data (lokace [http://grass.osgeo.org/sampledata/north_carolina/nc_spm_08_grass7.tar.gz nc_spm_08]), ke stažení [http://grass.osgeo.org/sampledata/north_carolina/nc_spm_modis2002lst_vector.tar.gz zde]:


* Aqua (nosič, čas přeletu 1:30h)
* Aqua (nosič, čas přeletu 1:30h)
Řádek 31: Řádek 35:
Nejprve přidáme mapset obsahující data MODIS do vyhledávací cesty.
Nejprve přidáme mapset obsahující data MODIS do vyhledávací cesty.


  g.mapsets add=modis20021st
Z příkazové řádky
  g.list rast mapset=modis20021st
 
<source lang="bash">
  g.mapsets mapset=modis2002lst operation=add
</source>
 
či z wxGUI {{menu|Settings|GRASS working environment|Mapset access}}
 
{{fig|wxgui-mapsets|Nastavení vyhledávací cesty ve wxGUI|size=300}}
 
<source lang="bash">
  g.list type=rast mapset=modis2002lst
</source>
 
V jazyku Python:
 
<source lang=python>
from grass.pygrass.gis import Mapset
 
print Mapset('modis2002lst').glist('rast')
</source>
 
V kombinaci se standardními Unixovými nástroji můžeme určit počet obrazových vrstev v mapsetu, seznam dnů pro které máme data k dispozici a pod.
 
''Poznámka:'' Řetězení příkazů funguje pouze z příkazové řádky terminálu, nikoliv z {{grassPrikaz|wxGUI}}.
 
<source lang="bash">
g.mlist type=rast mapset=modis2002lst | wc -l
</source>
 
V jazyku Python:
 
<source lang=python>
print len(Mapset('modis2002lst').glist('rast'))
</source>
 
1008
 
<source lang="bash">
g.mlist type=rast mapset=modis2002lst | sed 's/[0-9]//g' | uniq
</source>


Data zobrazíme.
V jazyku Python:


<source lang=python>
import re
print set(map(lambda x: re.sub(r'[0-9]', '', x), Mapset('modis2002lst').glist('rast')))
</source>
aqua_lst_day
aqua_lst_night
terra_lst_day
terra_lst_night
<source lang="bash">
g.mlist type=rast mapset=modis2002lst | sed -e 's/[a-z_]//g' | sort -n | uniq
</source>
V jazyku Python:
<source lang=python>
for date in sorted(set(map(lambda x: re.sub(r'[a-z_]', '', x), Mapset('modis2002lst').glist('rast')))):
    print date
</source>
20020101
20020102
...
20021230
20021231
Vybraná data zobrazíme.
<source lang="bash">
  # noc, 22:30h, teplota ve stupních Celsia
  # noc, 22:30h, teplota ve stupních Celsia
  d.rast.leg map=terra_1st_night_20020921
g.region rast=terra_lst_night20020921
  d.rast.leg map=terra_lst_night20020921
  d.vect map=us_natlas_hydrogp type=boundary color=blue
  d.vect map=us_natlas_hydrogp type=boundary color=blue
  d.vect map=us_natlas_urban type=boundary
  d.vect map=us_natlas_urban type=boundary color=brown
  d.vect map=us_natlas_urban diplay=attr attrcol=NANE type=centroid where="AREA >= 0.002" lsize=12
  d.vect map=us_natlas_urban display=attr attrcol=NAME type=centroid where="AREA >= 0.002" lsize=12
</source>
 
{{fig|ZOD-cv12-terra-first|Teplota povrchu - 21.09.02, noc 22:30h, terra_lst_night20020921 (bílá místa představují odfiltrované mraky)}}


<source lang="bash">
  # den, 10:30h
  # den, 10:30h
  d.rast.leg map=terra_1st_night_20020922
  d.rast.leg map=terra_lst_night20020922
  d.vect map=us_natlas_hydrogp type=boundary color=blue
  d.vect map=us_natlas_hydrogp type=boundary color=blue
  d.vect map=us_natlas_urban type=boundary
  d.vect map=us_natlas_urban type=boundary color=brown
  d.vect map=us_natlas_urban diplay=attr attrcol=NANE type=centroid where="AREA >= 0.002" lsize=12
  d.vect map=us_natlas_urban display=attr attrcol=NAME type=centroid where="AREA >= 0.002" lsize=12
</source>


Rozdíl LST noc-den vypočteme pomocí {{GrassPrikaz|r.mapcalc}}.
{{fig|ZOD-cv12-terra-second|Teplota povrhu - 22.09.02, noc 22:30h, terra_lst_night20020922}}


  r.mapcalc "diff_den_noc = terra_1st_day20020922 - terra_1st_day_20020921"
Příklad skriptu (Bash) pro vizualizaci dat za daný den.
 
<source lang="bash">
#!/bin/sh
 
if [ -z "$1" ] ; then
    echo "Zadejte datum, napr. '$0 20020704'"
    exit 1
fi
 
day=$1
 
if [ `d.mon -p | cut -d':' -f2 | tr -d ' '` != 'x0' ] ; then
    d.mon x0 --q
fi
 
for map in `g.mlist type=rast mapset=modis2002lst pat="*${day}$"`; do
    g.message "Map: $map"
    g.region rast=$map
    d.rast.leg map=$map --q
    d.vect map=us_natlas_hydrogp type=boundary color=blue --q
    d.vect map=us_natlas_urban type=boundary color=brown --q
    d.vect map=us_natlas_urban display=attr attrcol=NAME type=centroid where="AREA >= 0.002" lsize=12 --q
 
    sleep 3
done
 
exit 0
</source>
 
Verze skriptu pro Python:
 
<source lang="python">
#!/usr/bin/python
"""
Zadejte datum.
Napr.
./modis.py 20020704
"""
import os
import sys
import time
import grass.script as grass
def main():
    if len(sys.argv) != 2:
        print __doc__
        sys.exit(1)
    day = sys.argv[1]
    mapset = 'modis2002lst'
    monitor = 'cairo'
   
    # spustit graficky monitor
    grass.run_command('d.mon', start = monitor, width = 1024, height = 768)
    # vykreslit data
    for map in grass.mlist_grouped(type = 'rast',
                                  pattern = '*%s$' % day)[mapset]:
        map += '@' + mapset
        grass.message("Map: %s" % map)
        grass.run_command('g.region',
                          rast = map)
        grass.run_command('d.rast.leg',
                          quiet = True,
                          map = map)
        os.environ['GRASS_FRAME'] = "0.000000,768.000000,0.000000,716.800000"
        grass.run_command('d.vect',
                          quiet = True,
                          map = 'us_natlas_hydrogp',
                          type = 'boundary',
                          color = 'blue')
        grass.run_command('d.vect',
                          quiet = True,
                          map = 'us_natlas_urban',
                          type = 'boundary',
                          color = 'brown')
        grass.run_command('d.vect',
                          quiet = True,
                          map = 'us_natlas_urban',
                          display = 'attr',
                          attrcol = 'NAME',
                          type = 'centroid',
                          where = 'AREA >= 0.002',
                          lsize = 12)
        del os.environ['GRASS_FRAME']
        time.sleep(3)
    # vypnout graficky monitor
    grass.run_command('d.mon', stop = monitor)
   
    return 0
if __name__ == "__main__":
    sys.exit(main())
</source>
 
Rozdíl LST za 1 den vypočteme pomocí {{GrassPrikaz|r.mapcalc}}.
 
<source lang="bash">
  r.mapcalc "diff_den_noc = terra_lst_day20020922 - terra_lst_day20020921"
  d.rast.leg map=diff_den_noc
  d.rast.leg map=diff_den_noc
  d.vect map=us_natlas_hydrogp type=boundary color=black
  d.vect map=us_natlas_hydrogp type=boundary color=blue
  d.vect map=us_natlas_urban type=boundary color=brown
  d.vect map=us_natlas_urban type=boundary color=brown
  d.vect map=us_natlas_urban diplay=attr attrcol=NANE type=centroid where="AREA >= 0.002" lcolor=black lsize=12
  d.vect map=us_natlas_urban display=attr attrcol=NAME type=centroid where="AREA >= 0.002" lsize=12
</source>


Závěr: Na rozdíl od zastavěných ploch se teplotně stabilní se jeví vodní plochy.
{{fig|ZOD-cv12-terra-diff|Rozdíl teplot povrchu za 1 den}}


== Indikátory časových řad ==
Závěr: Na rozdíl od zastavěných ploch se teplotně stabilní jeví vodní plochy.


Data jsou již předzpracována, tj. byly odstraněny digitální hodnoty odpovídající mraků. Během výpočtu musíme s NULL hodnotami počítat, např. při určování průměrné teploty povrchu.
=== Indikátory časových řad ===
 
Data jsou již předzpracována - digitální hodnoty odpovídající teplotě mraků byly odfiltrovány. Během výpočtu se hodnoty NULL mohou výrazněji promítnout do výsledku, např. při určování průměrné teploty povrchu.
 
Vypočteme denní LST průměry pro září 2002, modul {{GrassPrikaz|r.series}}.
 
<source lang="bash">
for d in `seq 1 30` ; do
    DAY=`echo $d | awk '{printf "%02d\n", $1}'`
    LIST=`g.mlist type=rast pattern="*lst*200209${DAY}" separator=","`
    g.message "Den: $DAY ($LIST)"
    g.region rast=$LIST
    r.series -n input=$LIST output=lst_200209${DAY}_avg method=average --o --q
    d.rast.leg map=lst_200209${DAY}_avg --q
    d.vect map=us_natlas_hydrogp type=boundary color=blue --q
    d.vect map=us_natlas_urban type=boundary color=brown --q
    d.vect map=us_natlas_urban display=attr attrcol=NAME type=centroid where="AREA >= 0.002" lsize=12 --q
   
    sleep 1
done
</source>
 
Jako ukázka korespondující skript v Pythonu:
 
<source lang="python">
#!/usr/bin/python
"""
Zadejte mesic (1-12)
Napr.
./modis.py 09
"""
 
import os
import sys
import time
import grass.script as grass
def get_num_days(month):
    if month in (1, 3, 5, 7, 8, 10, 12):
        return 32
    elif month == 2:
        return 29
    return 31
def main():
    if len(sys.argv) != 2:
        print __doc__
        sys.exit(1)
    month = sys.argv[1]
    mapset = 'modis2002lst'
    monitor = 'cairo'
   
    # spustit graficky monitor
    grass.run_command('d.mon', start = monitor, width = 1024, height = 768)
    # pridat mapset do vyhledavaci cestu
    grass.run_command('g.mapsets', mapset = mapset, operation = 'add', quiet = True)
 
    for day in range(1, get_num_days(month)):
        day = '%02d' % day
        maps = ','.join(grass.mlist_grouped(type = 'rast',
                                            pattern = "*lst*2002%s%s" % (month, day))[mapset])
        omap = 'lst_2002%s%s_avg' % (month, day)
        grass.message('Den: %s (%s)' % (day, maps))
        grass.run_command('g.region',
                          rast = maps)
        grass.run_command('r.series',
                          quiet = True,
                          overwrite = True,
                          flags = 'n',
                          input = maps,
                          output = omap,
                          method = 'average')
        grass.run_command('d.rast.leg',
                          quiet = True,
                          map = omap)
        os.environ['GRASS_FRAME'] = "0.000000,768.000000,0.000000,716.800000"
        grass.run_command('d.vect',
                          quiet = True,
                          map = 'us_natlas_hydrogp',
                          type = 'boundary',
                          color = 'blue')
        grass.run_command('d.vect',
                          quiet = True,
                          map = 'us_natlas_urban',
                          type = 'boundary',
                          color = 'brown')
        grass.run_command('d.vect',
                          quiet = True,
                          map = 'us_natlas_urban',
                          display = 'attr',
                          attrcol = 'NAME',
                          type = 'centroid',
                          where = 'AREA >= 0.002',
                          lsize = 12)
        del os.environ['GRASS_FRAME']


Vypočteme denní LST průměry v měsíci září 2002, pomocí modulu {{GrassPrikaz|r.series}}.
        time.sleep(3)
    # vypnout graficky monitor
    grass.run_command('d.mon', stop = monitor)


  for d in `seq 1 30` ; do
    return 0
  DAY=`echo $d | awk '{printf "%02d\n", $1}'`
   
  LIST=`g.mlist type=rast pattern="*lst*200209${DAY}" separator=","`
if __name__ == "__main__":
  echo "$LIST"
    sys.exit(main())
  r.series -n input=$LIST output=lst_200209${DAY}_avg method=average
</source>
  d.rast.leg map=1st_200209${DAY}_avg
  d.vect map=us_natlas_urban type=boundary
done


V důsledku NULL hodnot ve vstupních datech některé výstupní vrstvy obsahují částečně nebo zcela NULL hodnoty. Odstranění tohoto efektu by vyžadovalo komplexní rekonstrukci časové řady.
V důsledku NULL hodnot ve vstupních datech některé výstupní vrstvy obsahují částečně nebo zcela hodnoty NULL. Odstranění tohoto efektu by vyžadovalo komplexní rekonstrukci časové řady.


Podobně vytvoříme vrstvu průměrné LST za měsíc září 2002.
Podobně vytvoříme vrstvu průměrné LST za měsíc září 2002.


  LIST=`g.mlist type=rast pattern="1st_200209* sep=","`
<source lang="bash">
  echo "$LIST"
  LIST=`g.mlist type=rast pattern="*lst*200209[0-9][0-9]$" sep=","`
  r.series input=$LIST output=1st_200209_avg method=average
  g.region rast=$LIST
  r.colors map=1st_200209_avg color=gyr
  r.series input=$LIST output=lst_200209_avg method=average
  r.colors map=lst_200209_avg color=gyr
</source>
 
{{fig|ZOD-cv12-prumerna-teplota-zari|Průměrná teplota povrchu září 2002}}


Určíme počet validních pixelů (not NULL) v časové řadě.
Určíme počet validních pixelů (not NULL) v časové řadě.


  r.series input=$LIST output=1st_200209_avg_count method=count
<source lang="bash">
  r.colors map=1st_200209_avg_count color=gyr
  r.series input=$LIST output=lst_200209_avg_count method=count
  r.colors map=lst_200209_avg_count color=gyr


  d.rast.leg map=1st_200209_avg_count
  d.rast.leg map=lst_200209_avg_count
  d.vect map=us_natlas_hydrogp type=boundary color=blue
  d.vect map=us_natlas_hydrogp type=boundary color=blue
  d.vect map=us_natlas_urban type=boundary
  d.vect map=us_natlas_urban type=boundary color=brown
  d.vect map=us_natlas_urban diplay=attr attrcol=NANE type=centroid where="AREA >= 0.002" lcolor=black lsize=12
  d.vect map=us_natlas_urban display=attr attrcol=NAME type=centroid where="AREA >= 0.002" lsize=12
</source>


Na základě počtu validních pixelu nastavíme filtr.
{{fig|ZOD-cv12-prumerna-teplota-zari-pocet|Počet validních pixelů (not NULL)}}


r.mapcalc "1st_200209_avg_filt = if(1st_200209_avg_count > 5, 1st_200209_avg, null()"
Na základě počtu validních pixelů nastavíme filtr.


  d.rast.leg map=1st_200209_avg_filt
<source lang="bash">
r.mapcalc "lst_200209_avg_filt = if(lst_200209_avg_count > 5, lst_200209_avg, null())"
 
  d.rast.leg map=lst_200209_avg_filt
  d.vect map=us_natlas_hydrogp type=boundary color=blue
  d.vect map=us_natlas_hydrogp type=boundary color=blue
  d.vect map=us_natlas_urban type=boundary
  d.vect map=us_natlas_urban type=boundary color=brown
  d.vect map=us_natlas_urban diplay=attr attrcol=NANE type=centroid where="AREA >= 0.002" lcolor=black lsize=12
  d.vect map=us_natlas_urban display=attr attrcol=NAME type=centroid where="AREA >= 0.002" lsize=12
</source>
 
{{fig|ZOD-cv12-prumerna-teplota-zari-filtr|Průměrná teplota povrchu září 2002 (odfiltrovány místa s nízkým počtem validních pixelů}}


Zastavěné plochy přirozeně vykazují vyšší průměrnou teplotu v porovnání např. s vodními plochami.
Zastavěné plochy přirozeně vykazují vyšší průměrnou teplotu v porovnání např. s vodními plochami.


== Ukázka skriptu Python ==
<source lang="python">
#!/usr/bin/python
from subprocess import PIPE
from grass.pygrass.gis import Location, Mapset
from grass.pygrass.modules import Module
from grass.pygrass.modules.shortcuts import general as g
from grass.pygrass.modules.shortcuts import raster as r
from grass.script import parse_key_val
def main():
    modis_mapset = 'modis2002lst'
    if modis_mapset not in Location().mapsets():
        # pridat mapset do vyhledavaci cesty
        g.mapsets(mapset = modis_mapset, operation = 'add')
   
    maps_avg = list()
    for month in range(1, 13):
        maps_avg.append('lst_2002%02d_avg' % month)
       
        g.message('Processing month %02d...' % month)
        maps = ','.join(sorted(Mapset(modis_mapset).glist('rast',
                                                          pattern = '*lst*2002%02d[0-9][0-9]' % month)))
        g.region(rast = maps)
        r.series(quiet = True,
                overwrite = True,
                input = maps,
                output = maps_avg[-1],
                method = 'average')
        r.colors(quiet = True,
                map = maps_avg[-1],
                color = 'gyr')
        univar = Module("r.univar")
        univar(quiet = True,
              flags = 'g',
              map = maps_avg[-1], stdout_=PIPE)
        stats = parse_key_val(univar.outputs.stdout)
       
        for key in stats.iterkeys():
            if key in ('min', 'max', 'mean'):
                value = int(round(float(stats[key])))
                print '%s = %02dC' % (key, value)
   
    g.mremove(rast = ','.join(maps_avg), flags = 'f', quiet=True)
if __name__ == "__main__":
    main()
</source>
Výstup:
<pre>
Processing month 01...
min = 06C
max = 14C
mean = 10C
Processing month 02...
min = 07C
max = 14C
mean = 11C
Processing month 03...
min = 09C
max = 29C
mean = 18C
...
</pre>
== Vytvoření a analýza časoprostorových dat ==
Tato část je založena na {{grassPrikaz|temporalintro|Temporal framework}} v systému GRASS.
Nejprve vytvoříme databázi pro registraci časoprostorového datasetu.
<source lang=bash>
t.create output=modis title="MODIS 2002" desc="Ukazkovy casoprostorovy dataset MODIS"
</source>
V dalším kroku zaregistrujeme MODIS data. Tato data nelze registrovat automaticky neboť u nich chybí časová značka. Např.
<source lang=bash>
r.info map=terra_lst_night20021231
</source>
<pre>
...
| Timestamp: none                                                           
...
</pre>
Chybějící časovou značku můžeme dopnit pomocí následujícího skriptu:
<source lang=python line>
#!/usr/bin/env python
#%module
#% description: Set timestamps for MODIS LTS raster maps
#%end
#%option
#% key: from
#% description: From date (YYYY-MM-DD)
#% required: yes
#%end
#%option
#% key: to
#% description: To date (YYYY-MM-DD)
#% required: yes
#%end
#%option G_OPT_F_OUTPUT
#% description: Path to the map file
#% required: no
#%end
import os
import sys
import datetime
import calendar
from grass.script.core import parser, fatal, message, warning
from grass.pygrass.gis import Mapset
from grass.pygrass.modules.shortcuts import raster as r
def get_date(date):
    try:
        y, m, d = map(int, date.split('-'))
    except:
        fatal("Invalid date format '%s'" % date)
   
    return datetime.date(y, m, d)
def get_month(date):
    return calendar.month_abbr[date.month]
def main():
    fd = None
    if options['output']:
        fd = open(options['output'], 'w')
   
    date = from_date = get_date(options['from'])
    to_date = get_date(options['to'])
    while date < to_date:
        message("%s..." % str(date))
       
        map_timestamp = '%s %s %s' % (date.day, get_month(date), date.year)
        map_date = str(date).replace('-', '')
       
        maps = Mapset().glist('rast', pattern='*%s' % map_date)
        if len(maps) != 4:
            warning("Not complete (%d)" % len(maps))
       
        for rast, time in [("aqua_lst_night", "1:30"),
                          ("terra_lst_day", "10:30"),
                          ("aqua_lst_day", "13:30"),
                          ("terra_lst_night", "22:30")]:
            map_name = rast + map_date
            if map_name not in maps:
                continue
           
            r.timestamp(map = map_name, date = map_timestamp + ' ' + time)
            if fd:
                fd.write(map_name + os.linesep)
           
        date += datetime.timedelta(days=1)
   
    if fd:
        fd.close()
       
if __name__ == "__main__":
    options, flags = parser()
    sys.exit(main())
</source>
<source lang=bash>
r.stampmodis.py from=2002-01-01 to=2003-01-01 out=maps.txt
</source>
<source lang=bash>
r.info map=terra_lst_night20021231
</source>
<pre>
...
| Timestamp: 31 Dec 2002 22:30                                                           
...
</pre>
''Poznámka:'' Skript vygeneruje soubor se seznamem map, který použijeme jako vstup do modulu {{grassPrikaz|t.register}}.
Po této úpravě můžeme data úspěšně zaregistrovat
<source lang=bash>
t.register input=modis file=maps.txt
</source>
Základní metadata časoprostorového datasetu vypíšeme pomocí modulu {{grassPrikaz|t.info}}:
<source lang=python>
t.info modis
</source>
<pre>
+-------------------- Space Time Raster Dataset -----------------------------+
|                                                                            |
+-------------------- Basic information -------------------------------------+
...
| Temporal type: ............. absolute
...
| Semantic type:.............. mean
+-------------------- Absolute time -----------------------------------------+
| Start time:................. 2002-01-01 10:30:00
| End time:................... 2002-12-31 22:30:00
| Granularity:................ 180 minutes
| Temporal type of maps:...... point
+-------------------- Spatial extent ----------------------------------------+
| North:...................... 279073.975466
| South:...................... 113673.975466
| East:.. .................... 798143.311797
| West:....................... 595143.311797
| Top:........................ 0.0
| Bottom:..................... 0.0
+-------------------- Metadata information ----------------------------------+
| Raster register table:...... modis_modis2002lst_1_raster_register
| North-South resolution min:. 200.0
| North-South resolution max:. 200.0
| East-west resolution min:... 200.0
| East-west resolution max:... 200.0
| Minimum value min:.......... -1.49
| Minimum value max:.......... 30.63
| Maximum value min:.......... -0.29
| Maximum value max:.......... 48.23
| Aggregation type:........... None
| Number of registered maps:.. 1008
|
| Title:
| MODIS 2002
| Description:
| Ukazkovy casoprostorovy dataset MODIS
| Command history:
| # 2014-04-22 21:13:08
| t.create output="modis" title="MODIS 2002"
|    desc="Ukazkovy casoprostorovy dataset MODIS"
| # 2014-04-22 21:18:05
| t.register input="modis" file="maps.txt"
|
+----------------------------------------------------------------------------+
</pre>
==== Kontrola časové topologie ====
Souhrné informace o časové topologii vystiskne příkaz {{grassPrikaz|t.topology}}:
<source lang=python>
t.topology modis
</source>
<pre>
+-------------------- Basic information -------------------------------------+
| Id: ........................ modis@modis2002lst_1
| Name: ...................... modis
| Mapset: .................... modis2002lst_1
| Creator: ................... landa
| Temporal type: ............. absolute
| Creation time: ............. 2014-04-22 21:13:08.494237
| Modification time:.......... 2014-04-22 21:18:05.749742
| Semantic type:.............. mean
+-------------------- Temporal topology -------------------------------------+
| Is subset of dataset: ...... False
| Temporal topology is: ...... valid
| Number of intervals: ....... 0
| Invalid time stamps: ....... 0
| Number of points: .......... 1008
| Number of gaps: ............ 1007
| Granularity: ............... 180 minutes
...
</pre>
Pro podrobné informace je nutné přidat přepínač <tt>-m</tt>:
<source lang=bash>
t.topology -m modis where="start_time >= '2002-07-15' and start_time < '2002-07-17'"
</source>
<pre>
+-------------------- Raster Dataset ----------------------------------------+
|                                                                            |
+-------------------- Basic information -------------------------------------+
| Id: ........................ aqua_lst_night20020715@modis2002lst_yfsg
| Name: ...................... aqua_lst_night20020715
| Mapset: .................... modis2002lst_yfsg
| Creator: ................... martin
| Temporal type: ............. absolute
| Creation time: ............. 2014-04-29 18:34:29.485248
+-------------------- Absolute time -----------------------------------------+
| Start time:................. 2002-07-15 01:30:00
| End time:................... None
+-------------------- Temporal Topology -------------------------------------+
| Next: ...................... terra_lst_day20020715@modis2002lst_yfsg
+-------------------- Spatial extent ----------------------------------------+
| North:...................... 279073.975466
| South:...................... 113673.975466
| East:.. .................... 798143.311797
| West:....................... 595143.311797
| Top:........................ 0.0
| Bottom:..................... 0.0
+-------------------- Metadata information ----------------------------------+
| Datatype:................... DCELL
| Number of columns:.......... 827
| Number of rows:............. 1015
| Number of cells:............ 839405
| North-South resolution:..... 200.0
| East-west resolution:....... 200.0
| Minimum value:.............. 12.85
| Maximum value:.............. 19.53
| Registered datasets ........ modis@modis2002lst_yfsg
+----------------------------------------------------------------------------+
...
+-------------------- Raster Dataset ----------------------------------------+
|                                                                            |
+-------------------- Basic information -------------------------------------+
| Id: ........................ terra_lst_night20020716@modis2002lst_yfsg
| Name: ...................... terra_lst_night20020716
| Mapset: .................... modis2002lst_yfsg
| Creator: ................... martin
| Temporal type: ............. absolute
| Creation time: ............. 2014-04-29 18:34:29.603983
+-------------------- Absolute time -----------------------------------------+
| Start time:................. 2002-07-16 22:30:00
| End time:................... None
+-------------------- Temporal Topology -------------------------------------+
| Previous: .................. aqua_lst_day20020716@modis2002lst_yfsg
+-------------------- Spatial extent ----------------------------------------+
| North:...................... 279073.975466
| South:...................... 113673.975466
| East:.. .................... 798143.311797
| West:....................... 595143.311797
| Top:........................ 0.0
| Bottom:..................... 0.0
+-------------------- Metadata information ----------------------------------+
| Datatype:................... DCELL
| Number of columns:.......... 827
| Number of rows:............. 1015
| Number of cells:............ 839405
| North-South resolution:..... 200.0
| East-west resolution:....... 200.0
| Minimum value:.............. 18.95
| Maximum value:.............. 24.33
| Registered datasets ........ modis@modis2002lst_yfsg
+----------------------------------------------------------------------------+
</pre>
==== Základní dotazy ====
Modul {{grassPrikaz|t.rast.list}} umožnuje vypsat z datasetu rastrové mapy odpovídající dané podmínkce, např. všechny snímky z měsíce března:
<source lang=bash>
t.rast.list input=modis order=start_time where="start_time > '2002-03-01' and start_time < '2002-04-01'"
</source>
<pre>
terra_lst_day20020312 modis2002lst_1 2002-03-12 10:30:00 None
terra_lst_night20020312 modis2002lst_1 2002-03-12 22:30:00 None
terra_lst_day20020314 modis2002lst_1 2002-03-14 10:30:00 None
...
terra_lst_night20020330 modis2002lst_1 2002-03-30 22:30:00 None
terra_lst_day20020331 modis2002lst_1 2002-03-31 10:30:00 None
terra_lst_night20020331 modis2002lst_1 2002-03-31 22:30:00 None
</pre>
Základní statistiku rastrových map poskutuje modul {{grassPrikaz|t.rast.univar}}:
<source lang=bash>
t.rast.univar input=modis where="start_time > '2002-03-01' and start_time < '2002-04-01'"
</source>
<pre>
terra_lst_night20020312@modis2002lst_1|2002-03-12 22:30:00|None|7.12178469216311|6.61000000000001|11.45|...
...
terra_lst_day20020331@modis2002lst_1|2002-03-31 10:30:00|None|21.9590689981096|20.45|27.51|...
</pre>
==== Agregace ====
Určení statististiky teplot pro jednotlivé měsíce:
<source lang=python>
t.rast.aggregate input=modis out=modis_m basename=ag gra="1 months"
</source>
Vytvoří se dvanáct rastrových map v měsíční periodě:
<source lang=python>
t.rast.list modis_m order=start_time
</source>
<pre>
ag_0    modis2002lst_1  2002-01-01 00:00:00    2002-02-01 00:00:00
ag_1    modis2002lst_1  2002-02-01 00:00:00    2002-03-01 00:00:00
ag_2    modis2002lst_1  2002-03-01 00:00:00    2002-04-01 00:00:00
ag_3    modis2002lst_1  2002-04-01 00:00:00    2002-05-01 00:00:00
ag_4    modis2002lst_1  2002-05-01 00:00:00    2002-06-01 00:00:00
ag_5    modis2002lst_1  2002-06-01 00:00:00    2002-07-01 00:00:00
ag_6    modis2002lst_1  2002-07-01 00:00:00    2002-08-01 00:00:00
ag_7    modis2002lst_1  2002-08-01 00:00:00    2002-09-01 00:00:00
ag_8    modis2002lst_1  2002-09-01 00:00:00    2002-10-01 00:00:00
ag_9    modis2002lst_1  2002-10-01 00:00:00    2002-11-01 00:00:00
ag_10  modis2002lst_1  2002-11-01 00:00:00    2002-12-01 00:00:00
ag_11  modis2002lst_1  2002-12-01 00:00:00    2003-01-01 00:00:00
</pre>
Statistika pro všechny měsíce:
<source lang=python>
t.rast.univar modis_m
</source>
<pre>
ag_0@modis2002lst_1|2002-01-01 00:00:00|2002-02-01 00:00:00|10.1761589696136|6.11111111111114|14.3009090909091|...
ag_11@modis2002lst_1|2002-12-01 00:00:00|2003-01-01 00:00:00|7.50005058325719|4.3941666666667|10.3609523809524|...
</pre>
Statistika pouze pro červenec a srpen:
<source lang=python>
t.rast.univar modis_m where="start_time > '2002-07-01' and start_time < '2002-09-01'"
</source>
<pre>
ag_6@modis2002lst_1|2002-07-01 00:00:00|2002-08-01 00:00:00|26.3466550685411|21.7652941176471|30.594|...
ag_7@modis2002lst_1|2002-08-01 00:00:00|2002-09-01 00:00:00|26.7082631007969|22.2151851851852|31.4769565217392|...
</pre>
==== Výběr dat z časoprostorového datasetu ====
Vytvořit na základě výběru nový časoprostorový dataset umožňuje příkaz {{grassPrikaz|t.rast.extract}}.
<source lang=bash>
t.rast.extract input=modis where="start_time > '2002-03-01' and start_time < '2002-06-01'" output=modis_spring
t.rast.extract input=modis where="start_time > '2002-06-01' and start_time < '2002-09-01'" output=modis_summer
t.rast.extract input=modis where="start_time > '2002-09-01' and start_time < '2002-12-01'" output=modis_autumn
t.rast.extract input=modis where="start_time > '2002-12-01' or start_time < '2002-03-01'" output=modis_winter
</source>
Vizualizace časové řady pomocí nástroje {{grassPrikaz|g.gui.timeline}}.
<source lang=bash>
g.gui.timeline inputs=modis_spring,modis_summer,modis_autumn,modis_winter
</source>
{{fig|g-gui-timeline-modis-4|Vizualizace čtyř časoprostorových datasetů na základě ročního období|size=640}}
V následujících příkazech budeme sledovat trend změny teploty v jednotlivých ročních obdobích. K tomu použijeme modul {{grassPrikaz|t.rast.series}}.
<source lang=python>
t.rast.series input=modis_spring output=modis_spring_avg method=average
t.rast.series input=modis_summer output=modis_summer_avg method=average
t.rast.series input=modis_autumn output=modis_autumn_avg method=average
t.rast.series input=modis_winter output=modis_winter_avg method=average
</source>
Vzniknou čtyři rastrové mapy zobrazující průměrné roční teploty v ročních obdobích. Průměrnou teplotu zjistíme pomocí modulu {{grassPrikaz|r.univar}}, příklad pro jaro:
<source lang=python>
r.univar modis_spring_avg
...
mean: 21.6125
...
</source>
{{fig|modis-spring-avg|Průměrné teploty pro roční období 'jaro' (tabulka barev 'celsius')}}
==== Vizualizace časoprostorových dat ====
Vizualizovat data časoprostorových datasetů umožňuje {{grassPrikaz|g.gui.animation|wxGUI animační nástroj}}.
<source lang=bash>
g.gui.animation strds=modis
</source>
{{fig|g-gui-animation|wxGUI Animation Tool|size=640}}
Mezi další užitečné nástroje patří {{grassPrikaz|g.gui.mapswipe|wxGUI Map Swipe}}
<source lang=bash>
t.rast.list modis_m where="start_time < '2002-03-01'"
</source>
<pre>
ag_0    modis2002lst_yfsg      2002-01-01 00:00:00    2002-02-01 00:00:00
ag_1    modis2002lst_yfsg      2002-02-01 00:00:00    2002-03-01 00:00:00
</pre>
<source lang=bash>
g.gui.mapswipe first=ag_0 second=ag_1
</source>
{{fig|g-gui-mapswipe-modis|Vizualizace agregovaných LTS dat pro první dva měsíce roku 2002|size=640}}
a {{grassPrikaz|g.gui.timeline}}:


----
{{fig|g-gui-timeline-modis|Vizualizace časové osy agregovaných LTS dat|size=640}}
< [[153YZOD Zpracování obrazových dat|Stránky předmětu]] {{bullet}} [[153YZOD Zpracování obrazových dat - cvičení 11|Předchozí cvičení]]


{{ZOD}}
{{ZOD}}
{{GRASS}}
{{Python}}

Aktuální verze z 5. 9. 2014, 18:49

Multitemporální analýza

Osnova

Komplexní analýza obrazových dat je založena na monitorování zemského povrchu a atmosféry v různých prostorových rozlišeních a časových intervalech. Zaměříme se na analýzu časové řady dat MODIS (Moderate Resolution Imaging Spectroradiometer, satelit Terra a Aqua NASA).

Skripty v jazyku Python používají knihovnu pyGRASS.

Seznam příkazů

Multitemporální analýza

K dispozici jsou následující data (lokace nc_spm_08), ke stažení zde:

  • Aqua (nosič, čas přeletu 1:30h)
  • Terra (10:30h)
  • Aqua (13:30h)
  • Terra (22:30h)

Nejprve přidáme mapset obsahující data MODIS do vyhledávací cesty.

Z příkazové řádky

 g.mapsets mapset=modis2002lst operation=add

či z wxGUI Settings → GRASS working environment → Mapset access

Nastavení vyhledávací cesty ve wxGUI
 g.list type=rast mapset=modis2002lst

V jazyku Python:

from grass.pygrass.gis import Mapset

print Mapset('modis2002lst').glist('rast')

V kombinaci se standardními Unixovými nástroji můžeme určit počet obrazových vrstev v mapsetu, seznam dnů pro které máme data k dispozici a pod.

Poznámka: Řetězení příkazů funguje pouze z příkazové řádky terminálu, nikoliv z wxGUI.

 g.mlist type=rast mapset=modis2002lst | wc -l

V jazyku Python:

print len(Mapset('modis2002lst').glist('rast'))
1008
 g.mlist type=rast mapset=modis2002lst | sed 's/[0-9]//g' | uniq

V jazyku Python:

import re

print set(map(lambda x: re.sub(r'[0-9]', '', x), Mapset('modis2002lst').glist('rast')))
aqua_lst_day
aqua_lst_night
terra_lst_day
terra_lst_night
 g.mlist type=rast mapset=modis2002lst | sed -e 's/[a-z_]//g' | sort -n | uniq

V jazyku Python:

for date in sorted(set(map(lambda x: re.sub(r'[a-z_]', '', x), Mapset('modis2002lst').glist('rast')))):
    print date
20020101
20020102
...
20021230
20021231

Vybraná data zobrazíme.

 # noc, 22:30h, teplota ve stupních Celsia
 g.region rast=terra_lst_night20020921
 d.rast.leg map=terra_lst_night20020921
 d.vect map=us_natlas_hydrogp type=boundary color=blue
 d.vect map=us_natlas_urban type=boundary color=brown
 d.vect map=us_natlas_urban display=attr attrcol=NAME type=centroid where="AREA >= 0.002" lsize=12
Teplota povrchu - 21.09.02, noc 22:30h, terra_lst_night20020921 (bílá místa představují odfiltrované mraky)
 # den, 10:30h
 d.rast.leg map=terra_lst_night20020922
 d.vect map=us_natlas_hydrogp type=boundary color=blue
 d.vect map=us_natlas_urban type=boundary color=brown
 d.vect map=us_natlas_urban display=attr attrcol=NAME type=centroid where="AREA >= 0.002" lsize=12
Teplota povrhu - 22.09.02, noc 22:30h, terra_lst_night20020922

Příklad skriptu (Bash) pro vizualizaci dat za daný den.

#!/bin/sh

if [ -z "$1" ] ; then
    echo "Zadejte datum, napr. '$0 20020704'"
    exit 1
fi

day=$1

if [ `d.mon -p | cut -d':' -f2 | tr -d ' '` != 'x0' ] ; then
    d.mon x0 --q
fi

for map in `g.mlist type=rast mapset=modis2002lst pat="*${day}$"`; do
    g.message "Map: $map"
    g.region rast=$map
    d.rast.leg map=$map --q
    d.vect map=us_natlas_hydrogp type=boundary color=blue --q
    d.vect map=us_natlas_urban type=boundary color=brown --q
    d.vect map=us_natlas_urban display=attr attrcol=NAME type=centroid where="AREA >= 0.002" lsize=12 --q

    sleep 3
done

exit 0

Verze skriptu pro Python:

#!/usr/bin/python
 
"""
Zadejte datum.
 
Napr.
./modis.py 20020704
"""
 
import os
import sys
import time
 
import grass.script as grass
 
def main():
    if len(sys.argv) != 2:
        print __doc__
        sys.exit(1)
 
    day = sys.argv[1]
    mapset = 'modis2002lst'
    monitor = 'cairo'
    
    # spustit graficky monitor
    grass.run_command('d.mon', start = monitor, width = 1024, height = 768)
 
    # vykreslit data
    for map in grass.mlist_grouped(type = 'rast',
                                   pattern = '*%s$' % day)[mapset]:
        map += '@' + mapset
        grass.message("Map: %s" % map)
        grass.run_command('g.region',
                          rast = map)
        grass.run_command('d.rast.leg',
                          quiet = True,
                          map = map)
        os.environ['GRASS_FRAME'] = "0.000000,768.000000,0.000000,716.800000"
        grass.run_command('d.vect',
                          quiet = True,
                          map = 'us_natlas_hydrogp',
                          type = 'boundary',
                          color = 'blue')
        grass.run_command('d.vect',
                          quiet = True,
                          map = 'us_natlas_urban',
                          type = 'boundary',
                          color = 'brown')
        grass.run_command('d.vect',
                          quiet = True,
                          map = 'us_natlas_urban',
                          display = 'attr',
                          attrcol = 'NAME',
                          type = 'centroid',
                          where = 'AREA >= 0.002',
                          lsize = 12)
        del os.environ['GRASS_FRAME']
 
        time.sleep(3)
 
    # vypnout graficky monitor
    grass.run_command('d.mon', stop = monitor)
    
    return 0
 
if __name__ == "__main__":
    sys.exit(main())

Rozdíl LST za 1 den vypočteme pomocí r.mapcalc.

 r.mapcalc "diff_den_noc = terra_lst_day20020922 - terra_lst_day20020921"
 d.rast.leg map=diff_den_noc
 d.vect map=us_natlas_hydrogp type=boundary color=blue
 d.vect map=us_natlas_urban type=boundary color=brown
 d.vect map=us_natlas_urban display=attr attrcol=NAME type=centroid where="AREA >= 0.002" lsize=12
Rozdíl teplot povrchu za 1 den

Závěr: Na rozdíl od zastavěných ploch se teplotně stabilní jeví vodní plochy.

Indikátory časových řad

Data jsou již předzpracována - digitální hodnoty odpovídající teplotě mraků byly odfiltrovány. Během výpočtu se hodnoty NULL mohou výrazněji promítnout do výsledku, např. při určování průměrné teploty povrchu.

Vypočteme denní LST průměry pro září 2002, modul r.series.

for d in `seq 1 30` ; do
    DAY=`echo $d | awk '{printf "%02d\n", $1}'`
    LIST=`g.mlist type=rast pattern="*lst*200209${DAY}" separator=","`
    g.message "Den: $DAY ($LIST)"
    g.region rast=$LIST
    r.series -n input=$LIST output=lst_200209${DAY}_avg method=average --o --q
    d.rast.leg map=lst_200209${DAY}_avg --q
    d.vect map=us_natlas_hydrogp type=boundary color=blue --q
    d.vect map=us_natlas_urban type=boundary color=brown --q
    d.vect map=us_natlas_urban display=attr attrcol=NAME type=centroid where="AREA >= 0.002" lsize=12 --q
    
    sleep 1
done

Jako ukázka korespondující skript v Pythonu:

 #!/usr/bin/python
 
"""
Zadejte mesic (1-12)
 
Napr.
./modis.py 09
"""

import os
import sys
import time
 
import grass.script as grass
 
def get_num_days(month):
    if month in (1, 3, 5, 7, 8, 10, 12):
        return 32
    elif month == 2:
        return 29
 
    return 31
 
def main():
    if len(sys.argv) != 2:
        print __doc__
        sys.exit(1)
 
    month = sys.argv[1]
    mapset = 'modis2002lst'
    monitor = 'cairo'
    
    # spustit graficky monitor
    grass.run_command('d.mon', start = monitor, width = 1024, height = 768)
 
    # pridat mapset do vyhledavaci cestu
    grass.run_command('g.mapsets', mapset = mapset, operation = 'add', quiet = True)
  
    for day in range(1, get_num_days(month)):
        day = '%02d' % day
        maps = ','.join(grass.mlist_grouped(type = 'rast',
                                            pattern = "*lst*2002%s%s" % (month, day))[mapset])
        omap = 'lst_2002%s%s_avg' % (month, day)
 
        grass.message('Den: %s (%s)' % (day, maps))
        grass.run_command('g.region',
                          rast = maps)
        grass.run_command('r.series',
                          quiet = True,
                          overwrite = True,
                          flags = 'n',
                          input = maps,
                          output = omap,
                          method = 'average')
        grass.run_command('d.rast.leg',
                          quiet = True,
                          map = omap)
        os.environ['GRASS_FRAME'] = "0.000000,768.000000,0.000000,716.800000"
        grass.run_command('d.vect',
                          quiet = True,
                          map = 'us_natlas_hydrogp',
                          type = 'boundary',
                          color = 'blue')
        grass.run_command('d.vect',
                          quiet = True,
                          map = 'us_natlas_urban',
                          type = 'boundary',
                          color = 'brown')
        grass.run_command('d.vect',
                          quiet = True,
                          map = 'us_natlas_urban',
                          display = 'attr',
                          attrcol = 'NAME',
                          type = 'centroid',
                          where = 'AREA >= 0.002',
                          lsize = 12)
        del os.environ['GRASS_FRAME']

        time.sleep(3)
 
    # vypnout graficky monitor
    grass.run_command('d.mon', stop = monitor)

    return 0
 
if __name__ == "__main__":
    sys.exit(main())

V důsledku NULL hodnot ve vstupních datech některé výstupní vrstvy obsahují částečně nebo zcela hodnoty NULL. Odstranění tohoto efektu by vyžadovalo komplexní rekonstrukci časové řady.

Podobně vytvoříme vrstvu průměrné LST za měsíc září 2002.

 LIST=`g.mlist type=rast pattern="*lst*200209[0-9][0-9]$" sep=","`
 g.region rast=$LIST
 r.series input=$LIST output=lst_200209_avg method=average
 r.colors map=lst_200209_avg color=gyr
Průměrná teplota povrchu září 2002

Určíme počet validních pixelů (not NULL) v časové řadě.

 r.series input=$LIST output=lst_200209_avg_count method=count
 r.colors map=lst_200209_avg_count color=gyr

 d.rast.leg map=lst_200209_avg_count
 d.vect map=us_natlas_hydrogp type=boundary color=blue
 d.vect map=us_natlas_urban type=boundary color=brown
 d.vect map=us_natlas_urban display=attr attrcol=NAME type=centroid where="AREA >= 0.002" lsize=12
Počet validních pixelů (not NULL)

Na základě počtu validních pixelů nastavíme filtr.

 r.mapcalc "lst_200209_avg_filt = if(lst_200209_avg_count > 5, lst_200209_avg, null())"

 d.rast.leg map=lst_200209_avg_filt
 d.vect map=us_natlas_hydrogp type=boundary color=blue
 d.vect map=us_natlas_urban type=boundary color=brown
 d.vect map=us_natlas_urban display=attr attrcol=NAME type=centroid where="AREA >= 0.002" lsize=12
Průměrná teplota povrchu září 2002 (odfiltrovány místa s nízkým počtem validních pixelů

Zastavěné plochy přirozeně vykazují vyšší průměrnou teplotu v porovnání např. s vodními plochami.

Ukázka skriptu Python

#!/usr/bin/python
 
from subprocess import PIPE

from grass.pygrass.gis import Location, Mapset
from grass.pygrass.modules import Module
from grass.pygrass.modules.shortcuts import general as g
from grass.pygrass.modules.shortcuts import raster as r

from grass.script import parse_key_val
 
def main():
    modis_mapset = 'modis2002lst'
 
    if modis_mapset not in Location().mapsets():
        # pridat mapset do vyhledavaci cesty
        g.mapsets(mapset = modis_mapset, operation = 'add')
    
    maps_avg = list()
    for month in range(1, 13):
        maps_avg.append('lst_2002%02d_avg' % month)
        
        g.message('Processing month %02d...' % month)
        maps = ','.join(sorted(Mapset(modis_mapset).glist('rast',
                                                          pattern = '*lst*2002%02d[0-9][0-9]' % month)))

        g.region(rast = maps)
        r.series(quiet = True,
                 overwrite = True,
                 input = maps,
                 output = maps_avg[-1],
                 method = 'average')
 
        r.colors(quiet = True,
                 map = maps_avg[-1],
                 color = 'gyr')

        univar = Module("r.univar")
        univar(quiet = True,
               flags = 'g',
               map = maps_avg[-1], stdout_=PIPE)
        stats = parse_key_val(univar.outputs.stdout)
        
        for key in stats.iterkeys():
            if key in ('min', 'max', 'mean'):
                value = int(round(float(stats[key])))
                print '%s = %02dC' % (key, value)
    
    g.mremove(rast = ','.join(maps_avg), flags = 'f', quiet=True)
 
if __name__ == "__main__":
    main()

Výstup:

Processing month 01...
min = 06C
max = 14C
mean = 10C
Processing month 02...
min = 07C
max = 14C
mean = 11C
Processing month 03...
min = 09C
max = 29C
mean = 18C
...

Vytvoření a analýza časoprostorových dat

Tato část je založena na Temporal framework v systému GRASS.

Nejprve vytvoříme databázi pro registraci časoprostorového datasetu.

 t.create output=modis title="MODIS 2002" desc="Ukazkovy casoprostorovy dataset MODIS"

V dalším kroku zaregistrujeme MODIS data. Tato data nelze registrovat automaticky neboť u nich chybí časová značka. Např.

r.info map=terra_lst_night20021231
...
 | Timestamp: none                                                            
...

Chybějící časovou značku můžeme dopnit pomocí následujícího skriptu:

#!/usr/bin/env python

#%module
#% description: Set timestamps for MODIS LTS raster maps
#%end

#%option
#% key: from
#% description: From date (YYYY-MM-DD)
#% required: yes
#%end

#%option
#% key: to
#% description: To date (YYYY-MM-DD)
#% required: yes
#%end

#%option G_OPT_F_OUTPUT
#% description: Path to the map file
#% required: no
#%end

import os
import sys
import datetime
import calendar

from grass.script.core import parser, fatal, message, warning
from grass.pygrass.gis import Mapset
from grass.pygrass.modules.shortcuts import raster as r

def get_date(date):
    try:
        y, m, d = map(int, date.split('-'))
    except:
        fatal("Invalid date format '%s'" % date)
    
    return datetime.date(y, m, d)

def get_month(date):
    return calendar.month_abbr[date.month]

def main():
    fd = None
    if options['output']:
        fd = open(options['output'], 'w')
    
    date = from_date = get_date(options['from'])
    to_date = get_date(options['to'])
    while date < to_date:
        message("%s..." % str(date))
        
        map_timestamp = '%s %s %s' % (date.day, get_month(date), date.year)
        map_date = str(date).replace('-', '')
        
        maps = Mapset().glist('rast', pattern='*%s' % map_date)
        if len(maps) != 4:
            warning("Not complete (%d)" % len(maps))
        
        for rast, time in [("aqua_lst_night", "1:30"),
                           ("terra_lst_day", "10:30"),
                           ("aqua_lst_day", "13:30"),
                           ("terra_lst_night", "22:30")]:
            map_name = rast + map_date
            if map_name not in maps:
                continue
            
            r.timestamp(map = map_name, date = map_timestamp + ' ' + time)
            if fd:
                fd.write(map_name + os.linesep)
            
        date += datetime.timedelta(days=1)
    
    if fd:
        fd.close()
        
if __name__ == "__main__":
    options, flags = parser()
    sys.exit(main())
r.stampmodis.py from=2002-01-01 to=2003-01-01 out=maps.txt
r.info map=terra_lst_night20021231
...
 | Timestamp: 31 Dec 2002 22:30                                                             
...

Poznámka: Skript vygeneruje soubor se seznamem map, který použijeme jako vstup do modulu t.register.

Po této úpravě můžeme data úspěšně zaregistrovat

 t.register input=modis file=maps.txt

Základní metadata časoprostorového datasetu vypíšeme pomocí modulu t.info:

t.info modis
 +-------------------- Space Time Raster Dataset -----------------------------+
 |                                                                            |
 +-------------------- Basic information -------------------------------------+
 ...
 | Temporal type: ............. absolute
 ...
 | Semantic type:.............. mean
 +-------------------- Absolute time -----------------------------------------+
 | Start time:................. 2002-01-01 10:30:00
 | End time:................... 2002-12-31 22:30:00
 | Granularity:................ 180 minutes
 | Temporal type of maps:...... point
 +-------------------- Spatial extent ----------------------------------------+
 | North:...................... 279073.975466
 | South:...................... 113673.975466
 | East:.. .................... 798143.311797
 | West:....................... 595143.311797
 | Top:........................ 0.0
 | Bottom:..................... 0.0
 +-------------------- Metadata information ----------------------------------+
 | Raster register table:...... modis_modis2002lst_1_raster_register
 | North-South resolution min:. 200.0
 | North-South resolution max:. 200.0
 | East-west resolution min:... 200.0
 | East-west resolution max:... 200.0
 | Minimum value min:.......... -1.49
 | Minimum value max:.......... 30.63
 | Maximum value min:.......... -0.29
 | Maximum value max:.......... 48.23
 | Aggregation type:........... None
 | Number of registered maps:.. 1008
 |
 | Title:
 | MODIS 2002
 | Description:
 | Ukazkovy casoprostorovy dataset MODIS
 | Command history:
 | # 2014-04-22 21:13:08 
 | t.create output="modis" title="MODIS 2002"
 |     desc="Ukazkovy casoprostorovy dataset MODIS"
 | # 2014-04-22 21:18:05 
 | t.register input="modis" file="maps.txt"
 | 
 +----------------------------------------------------------------------------+

Kontrola časové topologie

Souhrné informace o časové topologii vystiskne příkaz t.topology:

t.topology modis
 +-------------------- Basic information -------------------------------------+
 | Id: ........................ modis@modis2002lst_1
 | Name: ...................... modis
 | Mapset: .................... modis2002lst_1
 | Creator: ................... landa
 | Temporal type: ............. absolute
 | Creation time: ............. 2014-04-22 21:13:08.494237
 | Modification time:.......... 2014-04-22 21:18:05.749742
 | Semantic type:.............. mean
 +-------------------- Temporal topology -------------------------------------+
 | Is subset of dataset: ...... False
 | Temporal topology is: ...... valid
 | Number of intervals: ....... 0
 | Invalid time stamps: ....... 0
 | Number of points: .......... 1008
 | Number of gaps: ............ 1007
 | Granularity: ............... 180 minutes
...

Pro podrobné informace je nutné přidat přepínač -m:

t.topology -m modis where="start_time >= '2002-07-15' and start_time < '2002-07-17'"
+-------------------- Raster Dataset ----------------------------------------+
 |                                                                            |
 +-------------------- Basic information -------------------------------------+
 | Id: ........................ aqua_lst_night20020715@modis2002lst_yfsg
 | Name: ...................... aqua_lst_night20020715
 | Mapset: .................... modis2002lst_yfsg
 | Creator: ................... martin
 | Temporal type: ............. absolute
 | Creation time: ............. 2014-04-29 18:34:29.485248
 +-------------------- Absolute time -----------------------------------------+
 | Start time:................. 2002-07-15 01:30:00
 | End time:................... None
 +-------------------- Temporal Topology -------------------------------------+
 | Next: ...................... terra_lst_day20020715@modis2002lst_yfsg
 +-------------------- Spatial extent ----------------------------------------+
 | North:...................... 279073.975466
 | South:...................... 113673.975466
 | East:.. .................... 798143.311797
 | West:....................... 595143.311797
 | Top:........................ 0.0
 | Bottom:..................... 0.0
 +-------------------- Metadata information ----------------------------------+
 | Datatype:................... DCELL
 | Number of columns:.......... 827
 | Number of rows:............. 1015
 | Number of cells:............ 839405
 | North-South resolution:..... 200.0
 | East-west resolution:....... 200.0
 | Minimum value:.............. 12.85
 | Maximum value:.............. 19.53
 | Registered datasets ........ modis@modis2002lst_yfsg
 +----------------------------------------------------------------------------+
...
 +-------------------- Raster Dataset ----------------------------------------+
 |                                                                            |
 +-------------------- Basic information -------------------------------------+
 | Id: ........................ terra_lst_night20020716@modis2002lst_yfsg
 | Name: ...................... terra_lst_night20020716
 | Mapset: .................... modis2002lst_yfsg
 | Creator: ................... martin
 | Temporal type: ............. absolute
 | Creation time: ............. 2014-04-29 18:34:29.603983
 +-------------------- Absolute time -----------------------------------------+
 | Start time:................. 2002-07-16 22:30:00
 | End time:................... None
 +-------------------- Temporal Topology -------------------------------------+
 | Previous: .................. aqua_lst_day20020716@modis2002lst_yfsg
 +-------------------- Spatial extent ----------------------------------------+
 | North:...................... 279073.975466
 | South:...................... 113673.975466
 | East:.. .................... 798143.311797
 | West:....................... 595143.311797
 | Top:........................ 0.0
 | Bottom:..................... 0.0
 +-------------------- Metadata information ----------------------------------+
 | Datatype:................... DCELL
 | Number of columns:.......... 827
 | Number of rows:............. 1015
 | Number of cells:............ 839405
 | North-South resolution:..... 200.0
 | East-west resolution:....... 200.0
 | Minimum value:.............. 18.95
 | Maximum value:.............. 24.33
 | Registered datasets ........ modis@modis2002lst_yfsg
 +----------------------------------------------------------------------------+

Základní dotazy

Modul t.rast.list umožnuje vypsat z datasetu rastrové mapy odpovídající dané podmínkce, např. všechny snímky z měsíce března:

t.rast.list input=modis order=start_time where="start_time > '2002-03-01' and start_time < '2002-04-01'"
terra_lst_day20020312	modis2002lst_1	2002-03-12 10:30:00	None
terra_lst_night20020312	modis2002lst_1	2002-03-12 22:30:00	None
terra_lst_day20020314	modis2002lst_1	2002-03-14 10:30:00	None
...
terra_lst_night20020330	modis2002lst_1	2002-03-30 22:30:00	None
terra_lst_day20020331	modis2002lst_1	2002-03-31 10:30:00	None
terra_lst_night20020331	modis2002lst_1	2002-03-31 22:30:00	None

Základní statistiku rastrových map poskutuje modul t.rast.univar:

t.rast.univar input=modis where="start_time > '2002-03-01' and start_time < '2002-04-01'"
terra_lst_night20020312@modis2002lst_1|2002-03-12 22:30:00|None|7.12178469216311|6.61000000000001|11.45|...
...
terra_lst_day20020331@modis2002lst_1|2002-03-31 10:30:00|None|21.9590689981096|20.45|27.51|...

Agregace

Určení statististiky teplot pro jednotlivé měsíce:

t.rast.aggregate input=modis out=modis_m basename=ag gra="1 months"

Vytvoří se dvanáct rastrových map v měsíční periodě:

t.rast.list modis_m order=start_time
ag_0    modis2002lst_1  2002-01-01 00:00:00     2002-02-01 00:00:00
ag_1    modis2002lst_1  2002-02-01 00:00:00     2002-03-01 00:00:00
ag_2    modis2002lst_1  2002-03-01 00:00:00     2002-04-01 00:00:00
ag_3    modis2002lst_1  2002-04-01 00:00:00     2002-05-01 00:00:00
ag_4    modis2002lst_1  2002-05-01 00:00:00     2002-06-01 00:00:00
ag_5    modis2002lst_1  2002-06-01 00:00:00     2002-07-01 00:00:00
ag_6    modis2002lst_1  2002-07-01 00:00:00     2002-08-01 00:00:00
ag_7    modis2002lst_1  2002-08-01 00:00:00     2002-09-01 00:00:00
ag_8    modis2002lst_1  2002-09-01 00:00:00     2002-10-01 00:00:00
ag_9    modis2002lst_1  2002-10-01 00:00:00     2002-11-01 00:00:00
ag_10   modis2002lst_1  2002-11-01 00:00:00     2002-12-01 00:00:00
ag_11   modis2002lst_1  2002-12-01 00:00:00     2003-01-01 00:00:00

Statistika pro všechny měsíce:

t.rast.univar modis_m
ag_0@modis2002lst_1|2002-01-01 00:00:00|2002-02-01 00:00:00|10.1761589696136|6.11111111111114|14.3009090909091|...
ag_11@modis2002lst_1|2002-12-01 00:00:00|2003-01-01 00:00:00|7.50005058325719|4.3941666666667|10.3609523809524|...

Statistika pouze pro červenec a srpen:

t.rast.univar modis_m where="start_time > '2002-07-01' and start_time < '2002-09-01'"
ag_6@modis2002lst_1|2002-07-01 00:00:00|2002-08-01 00:00:00|26.3466550685411|21.7652941176471|30.594|...
ag_7@modis2002lst_1|2002-08-01 00:00:00|2002-09-01 00:00:00|26.7082631007969|22.2151851851852|31.4769565217392|...

Výběr dat z časoprostorového datasetu

Vytvořit na základě výběru nový časoprostorový dataset umožňuje příkaz t.rast.extract.

t.rast.extract input=modis where="start_time > '2002-03-01' and start_time < '2002-06-01'" output=modis_spring
t.rast.extract input=modis where="start_time > '2002-06-01' and start_time < '2002-09-01'" output=modis_summer
t.rast.extract input=modis where="start_time > '2002-09-01' and start_time < '2002-12-01'" output=modis_autumn
t.rast.extract input=modis where="start_time > '2002-12-01' or start_time < '2002-03-01'" output=modis_winter

Vizualizace časové řady pomocí nástroje g.gui.timeline.

g.gui.timeline inputs=modis_spring,modis_summer,modis_autumn,modis_winter
Vizualizace čtyř časoprostorových datasetů na základě ročního období

V následujících příkazech budeme sledovat trend změny teploty v jednotlivých ročních obdobích. K tomu použijeme modul t.rast.series.

t.rast.series input=modis_spring output=modis_spring_avg method=average
t.rast.series input=modis_summer output=modis_summer_avg method=average
t.rast.series input=modis_autumn output=modis_autumn_avg method=average
t.rast.series input=modis_winter output=modis_winter_avg method=average

Vzniknou čtyři rastrové mapy zobrazující průměrné roční teploty v ročních obdobích. Průměrnou teplotu zjistíme pomocí modulu r.univar, příklad pro jaro:

r.univar modis_spring_avg
...
mean: 21.6125
...
Průměrné teploty pro roční období 'jaro' (tabulka barev 'celsius')

Vizualizace časoprostorových dat

Vizualizovat data časoprostorových datasetů umožňuje wxGUI animační nástroj.

g.gui.animation strds=modis
wxGUI Animation Tool

Mezi další užitečné nástroje patří wxGUI Map Swipe

t.rast.list modis_m where="start_time < '2002-03-01'"
ag_0    modis2002lst_yfsg       2002-01-01 00:00:00     2002-02-01 00:00:00
ag_1    modis2002lst_yfsg       2002-02-01 00:00:00     2002-03-01 00:00:00
g.gui.mapswipe first=ag_0 second=ag_1
Vizualizace agregovaných LTS dat pro první dva měsíce roku 2002

a g.gui.timeline:

Vizualizace časové osy agregovaných LTS dat