GRASS/R: Porovnání verzí
Řádek 153: | Řádek 153: | ||
Min. 1st Qu. Median Mean 3rd Qu. Max. | Min. 1st Qu. Median Mean 3rd Qu. Max. | ||
55.58 94.79 108.90 110.40 126.80 156.30 | 55.58 94.79 108.90 110.40 126.80 156.30 | ||
</pre> | |||
V případě klasifikovaných rastrových dat použijeme parametr 'CAT', např. | |||
> lu <- readRAST6('landuse96_28m', cat = TRUE) | |||
> summary(lu) | |||
<pre> | |||
Object of class SpatialGridDataFrame | |||
Coordinates: | |||
min max | |||
x 630000 645000 | |||
y 215000 228500 | |||
Is projected: TRUE | |||
proj4string : | |||
[+proj=lcc +lat_1=36.16666666666666 +lat_2=34.33333333333334 | |||
+lat_0=33.75 +lon_0=-79 +x_0=609601.22 +y_0=0 +no_defs +a=6378137 | |||
+rf=298.257222101 +towgs84=0.000,0.000,0.000 +to_meter=1] | |||
Number of points: 2 | |||
Grid attributes: | |||
cellcentre.offset cellsize cells.dim | |||
x 630005 10 1500 | |||
y 215005 10 1350 | |||
Data attributes: | |||
not classified High Intensity Developed | |||
9 283200 | |||
Low Intensity Developed Cultivated | |||
309088 17347 | |||
Managed Herbaceous Cover Riverine/Estuarine Herbaceous | |||
205883 246 | |||
Evergreen Shrubland Deciduous Shrubland | |||
133042 2596 | |||
Mixed Shrubland Mixed Hardwoods | |||
356 64058 | |||
Bottomland Hardwoods/Hardwood Swamps Southern Yellow Pine | |||
159491 524056 | |||
Mixed Hardwoods/Conifers Water Bodies | |||
274120 42854 | |||
Unconsolidated Sediment NA's | |||
1610 7044 | |||
</pre> | </pre> | ||
Verze z 28. 11. 2009, 20:16
Tato stránka je věnována propojení GRASS GIS a R.
R je programovací jazyk a prostředí určené pro statistickou analýzu dat a jejich grafické zobrazení. Jde o implementaci programovacího jazyka S pod svobodnou licencí. R již předstihlo počtem uživatelů komerční S a stalo se faktickým standardem v řadě oblastí statistiky.
Používá se z příkazové řádky, existuje však několik frontendů s grafickým rozhraním jako RKWard, R Commander nebo rozšíření do OpenOffice.org Calcu R4Calc.
R bývá také propojováno či využíváno v komerčních softwarech, např. v prostředí PASW mohou uživatelé přímo psát a spouštět programy v jazyce R nad otevřenými daty.
Další informace na wikipedii.
Balíčky pro analýzu geoprostorových dat
R nabízí až více než 2000 různých rozšíření (tzv. balíčku) specializovaných na různé analýzy dat. My se zaměříme na balíčky určené pro práci s geoprostorovými (většinou obrazovými) daty.
- sp - základní balíček definující třídy a metody pro práci s prostorovými daty
- maptools - manipulace s prostorovými objekty
- maps - vykreslování map
- spatial - Kriging
- spatstat - analýza bodových výskytů
- splancs - analýza bodových výskytů v čase
- spdep - autokorelace prostorových objektů
- gstat - geostatistické modelování
- geoR - analýza geostatistických dat
- fields - analýza geoprostorových dat
- spatialCovariance - výpočet kovariační matice prostorových dat
- RArcInfo - import dat ve formátu ArcInfo Coverage
- shapefiles - čtení a zápis ESRI Shapefile
- RColorBrewer - tabulky barev optimalizované pro tématické mapy
- spgrass6 - rozhraní pro GRASS GIS 6+
Datový typ | Třída | Rodičovská třída |
---|---|---|
body | SpatialPoints | Spatial |
pixely | SpatialPixels | SpatialPoints |
mřížka | SpatialGrid | SpatialPixels |
linie | SpatialLines | Spatial, Line |
hranice | SpatialRings | SpatialLines |
polygon | SpatialPolygons | Spatial, Polygon |
spgrass6
Spgrass6 je rozšířením balíčku sp a je koncipován jako rozhraní pro moduly GRASS GIS 6. Přístup k datům v nativním formátu GRASS je zajištěn balíčkem rgdal.
Instalace
$ R > install.packages(c("sp", "rgdal", "spgrass6"), dependencies = TRUE)
Spuštění
Z příkazové řádky GRASS GIS spustíme interpret R.
GRASS 6.5.svn (nc_spm_08):~ > R
Dále nahrajeme balíček spgrass6 a všechny jeho závislosti.
> library(spgrass6)
Loading required package: sp Loading required package: rgdal Geospatial Data Abstraction Library extensions to R successfully loaded Loaded GDAL runtime: GDAL 1.7.0dev, released 2008/11/26 Path to GDAL shared files: /usr/local/share/gdal Loaded PROJ.4 runtime: Rel. 4.6.1, 21 August 2008 Path to PROJ.4 shared files: (autodetected) Loading required package: XML GRASS GIS interface loaded with GRASS version: 6.5.svn and location: nc_spm_08
Pro spuštění GRASS modulů se používá funkce system
, např.
> system('g.region -p')
projection: 99 (Lambert Conformal Conic) zone: 0 datum: nad83 ellipsoid: a=6378137 es=0.006694380022900787 north: 227412.33194791 south: 223694.5675084 west: 635197.26282579 east: 639950.9754717 nsres: 9.99399043 ewres: 10.0078161 rows: 372 cols: 475 cells: 176700
Přístup k rastrovým datům
Nejprve nastavíme region.
> system('g.region rast=elevation')
Na základě rastrové vrstvy bude vytvořen objekt 'SpatialGridDataFrame'.
> elev <- readRAST6('elevation')
Základní informace o objektu poskytuje funkce summary()
.
> summary(elev)
Object of class SpatialGridDataFrame Coordinates: min max x 630000 645000 y 215000 228500 Is projected: TRUE proj4string : [+proj=lcc +lat_1=36.16666666666666 +lat_2=34.33333333333334 +lat_0=33.75 +lon_0=-79 +x_0=609601.22 +y_0=0 +no_defs +a=6378137 +rf=298.257222101 +towgs84=0.000,0.000,0.000 +to_meter=1] Number of points: 2 Grid attributes: cellcentre.offset cellsize cells.dim x 630005 10 1500 y 215005 10 1350 Data attributes: Min. 1st Qu. Median Mean 3rd Qu. Max. 55.58 94.79 108.90 110.40 126.80 156.30
V případě klasifikovaných rastrových dat použijeme parametr 'CAT', např.
> lu <- readRAST6('landuse96_28m', cat = TRUE) > summary(lu)
Object of class SpatialGridDataFrame Coordinates: min max x 630000 645000 y 215000 228500 Is projected: TRUE proj4string : [+proj=lcc +lat_1=36.16666666666666 +lat_2=34.33333333333334 +lat_0=33.75 +lon_0=-79 +x_0=609601.22 +y_0=0 +no_defs +a=6378137 +rf=298.257222101 +towgs84=0.000,0.000,0.000 +to_meter=1] Number of points: 2 Grid attributes: cellcentre.offset cellsize cells.dim x 630005 10 1500 y 215005 10 1350 Data attributes: not classified High Intensity Developed 9 283200 Low Intensity Developed Cultivated 309088 17347 Managed Herbaceous Cover Riverine/Estuarine Herbaceous 205883 246 Evergreen Shrubland Deciduous Shrubland 133042 2596 Mixed Shrubland Mixed Hardwoods 356 64058 Bottomland Hardwoods/Hardwood Swamps Southern Yellow Pine 159491 524056 Mixed Hardwoods/Conifers Water Bodies 274120 42854 Unconsolidated Sediment NA's 1610 7044