Klášter byl založen 21. listopadu 1347 králem a pozdějším císařem Karlem IV. Jako český král si Karel IV. za patrony klášterního kostela zvolil kromě Panny Marie také české patrony - svaté Vojtěcha a Prokopa. Když zvolil ještě svatého Cyrila, Metoděje a Jeronýma (o němž se tehdy domnívali, že byl slovanského původu), myslel tím nejen na politiku směřující na Východ, ale i na smělé plány, které by mohly vyvrcholit sjednocením církve řecké a římské. Napovídá tomu také to, že do kláštera pozval mnichy z Balkánu, kteří měli dovoleno sloužit římskou liturgii ve staroslověnském jazyce. Své plány nemohl císař uskutečnit, ale jeho zásluhou stál v Praze benediktinský klášter se slovanskou liturgií. Kostel byl slavnostně posvěcen 29. března 1372 na velikonoční pondělí, kdy se četlo evangelium o setkání vzkříšeného Krista s učedníky v Emauzích (odtud název Emauzy). V současnosti je klášter, jako další benediktinské kláštery v Čechách, součástí Slovanské kongregace sv. Vojtěcha, založené roku 1945.